Jupyterになった後、iPythonで設定していた、設定ファイルはどうなるか?
いろいろやった結果わかったこと。

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Jupyterで起動後も、iPythonの設定は、かわらず、~/.ipython の下にあるものを参照しに行く。

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ただ、00-first.pyは、拡張子をipyにしないといけない。

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そうしとけば、%matplotlib inlineも記載可。

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ありか。

~/.ipython/profile_default/startup/00-frist.ipy
~/.ipython/profile_default/ipython_config.py

5 00-first.ipy

import sys,os,os.path
import numpy as np
import scipy as sp
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

os.environ[HOME]=/home/hage

from os.path import expanduser
HOME = expanduser(~)

from IPython import get_ipython
mgc = get_ipython().magic
mgc(%alias_magic h history)
mgc(%alias_magic dh dhist)
mgc(%alias_magic rc recall)

%matplotlib inline

6 ipython_config.py

c = get_config()

c.AliasManager.user_aliases = [
        (l, ls --color=tty -F),
        (c, clear),
        (d, diff),
        (g, grep),
        (m, more),
        (p, pwd),
        (.., cd ..),
        (he, head),
        (ta, tail),
        ]

ここには、ipyのこと書いてないけど、一応マニュアル。

Migrating from IPython — Jupyter Documentation 4.1.0 documentation